Shy telah tumbuh dewasa setelah bertarung melawan 'Amalareik', yang dipimpin oleh anak laki-laki misterius Stigma. Ketika dia kembali ke Jepang, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Ai Tennouji yang melarikan diri dari desa ninjanya. Ai memberitahu Shy bahwa dia meninggalkan desa untuk mengejar anggota 'Amalareik.' Sementara itu, terjadi insiden dimana Tokyo tiba-tiba diselimuti bola hitam dan menghilang. Para pahlawan dikirim untuk menyelamatkan Tokyo.